El Museo Marino de Margarita es una dependencia de la Fundación Museo del Mar, asociación privada sin fines de lucro orientada hacia la educación, investigación y conservación. Tiene como objetivo ofrecer a todo el público visitante una visión completa de los mares de Venezuela, desde sus características físico-químicas y la fauna que los habita, hasta los aspectos relacionados con la interacción del hombre y el mar, como la construcción de barcos y las actividades pesqueras.

Especial atención se presta a las áreas que rodean las islas de Margarita, Coche y Cubagua (estado Nueva Esparta), por presentar unas características especiales de alta productividad, diferentes de las del resto del mar Caribe.